MedPhy Jinsung2021. 2. 27. 11:01

인공지능을 활용해서 실제 임상에 적용하기 위한 처음 시작한 것이 2018년으로 기억한다.

2019년부터 본격적으로 이것저것 해보고, 

관련된 제품들도 사용해보면서 방향성을 정해보게 되었다.

 

어떻게 보면 느리다고 할 수 있지만, 

관련된 연구결과들이 이제 나오기 시작한다.

그전에 Atlas기반의 논문도 몇개 있긴 하지만, 그건 그냥 넘어가도록 하고!! 

 

첫번째 세상에 나온 논문은.

연구실에서 개발한 DL과 기존 Atlas 알고리즘의 비교

결론은 장단점이 있으나 DL이 조금 더 Robust하고, Contrast CT, NonConstrast CT 에 대해서도 잘 동작한다. 

오히려 Atlas based segmentation이 단점들이 존재한다는 결론! 

 

www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0167814020308203

 

Clinical evaluation of atlas- and deep learning-based automatic segmentation of multiple organs and clinical target volumes for

Manual segmentation is the gold standard method for radiation therapy planning; however, it is time-consuming and prone to inter- and intra-observer v…

www.sciencedirect.com

 

 

그런 의미에서 현재 일종의 가이드라인처럼 사용되는 문서에서 언급되는.

Atlas based deformable registration은 이제 몇 년뒤면 역사속으로 사라지게 될 것이다. 

 

 

https://www.redjournal.org/article/S0360-3016(20)34409-6/fulltext

 

연장선상?에서 나온 논문

코어라인소프트와 기술이전을 통해서 만든 DL 기반의 Auto-Segmentation을 임상에 사용해보고, 

임상적인 평가를 수행한 결과를 보고 했다. 

유방암 111명의 환자를 기반으로 DL을 만들어서 DSC로 볼 때 90% 넘는 결과를 보였고, 

10개의 기관의 임상 전문가들에게 교차검증을 통해서 acceptable한 결과를 보여서

일반적인 routine에서 활용이 가능하겠다. 는 결론을 내릴 수 있는 논문이라고 할 수 있다.

사실 더 많은 이야기를 할 수 있을텐데,

정상 장기 뿐이나라 종양 CTV, lymph node에 대해서도 그릴 수 있다는 것이 장점이라고 생각한다. 

 

ro-journal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13014-021-01771-z

 

Clinical feasibility of deep learning-based auto-segmentation of target volumes and organs-at-risk in breast cancer patients aft

Background In breast cancer patients receiving radiotherapy (RT), accurate target delineation and reduction of radiation doses to the nearby normal organs is important. However, manual clinical target volume (CTV) and organs-at-risk (OARs) segmentation for

ro-journal.biomedcentral.com

사실 아래의 논문이 가장 공을 많이 들이긴 했는데, 

시간의 압박으로 인해 더 의미있는 저널에 싣지 못해서 아쉽기도 하다.

 

방사선치료의 특징은 중간에 Adaptive RT를 한다는 것이다. 

이럴 경우 또 다른 image set들이 생기게 되는데, DL을 학습시키는 데이터가 중요한 이슈가 된다.

보통 training과 test는 다른 환자의 데이터를 사용하지만,

training을 할 때, 이전 첫번째 찍은 CT, 즉 같은 환자의 데이터 - 그러나 조금 다른 데이터를 사용하게 되면 

어떤 결과가 나오게 될까. - 더 좋을 것이라는 전제로 시작한 연구이긴 하다. ㅋ

 

그래서 이름을 Continual Deep learning이라고 적어서 냈는데, 리뷰어들이 잘 이해를 못한 면이 있다.

암튼 결론만 이야기하면 같은 환자의 data를 사용해서 training한 것이 더 임상적으로 만족한다는 것이다.

DSC는 큰 차이가 없지만, 주관적인 평가에서는 조금 더 사람이 그린 것과 같다는 답을 얻었다. 

이 과정에서 turing test를 했는데, 엄청난 일들을 해준 1저자에게 감사 ㅎㅎ 

 

www.mdpi.com/2072-6694/13/4/702

 

Feasibility of Continual Deep Learning-Based Segmentation for Personalized Adaptive Radiation Therapy in Head and Neck Area

This study investigated the feasibility of deep learning-based segmentation (DLS) and continual training for adaptive radiotherapy (RT) of head and neck (H&N) cancer. One-hundred patients treated with definitive RT were included. Based on 23 organs-at-risk

www.mdpi.com

아래의 그림이 가장 중요하긴 한데.

matched training set으로 학습한 DLSm이 가장 사람처럼 느껴진다는 평가 결과이다.

기존의 방법은 DLSu 이고, 그래서 Continual learning이 필요하다는 결론인데.. 

뭐 앞으로 계속 진행할 연구과 연동이 되니까. 기대해본다. 

암튼 여기에서도 DIR은.. 사요나라.. 

그리고 논문에 최근 몇개의 관련 논문들의 성적을 정리해보았다. 

나중에 이것만.. 보면 그래도... 도움이 되리라 믿어본다.!! 

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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2021. 2. 24. 16:20

아침에 세미나.

 

몸은 일본에 있으나, 궁금한 건 잘 못 참아서 ㅋ

예전에 Medical Physics에 논문 저자에게 연락해서 (다행히 한국 사람!! ㅎㅎ)

세미나를 한번 요청했었고, 시간이 되어서 오늘 듣게 됨. 

 

시차가 있고, 쉽지는 않았지만, 

세미나를 해준 이동주 연구원께 감사! 

궁금하신 분은 아래 논문을 찾아보시면.

 

aapm.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/mp.14467

 

Automatic contouring system for cervical cancer using convolutional neural networks

Purpose To develop a tool for the automatic contouring of clinical treatment volumes (CTVs) and normal tissues for radiotherapy treatment planning in cervical cancer patients. Methods An auto‐cont...

aapm.onlinelibrary.wiley.com

 

암튼 세미나는.

자궁경부암 방사선치료를 위해 인공지능 등을 이용한 자동화에 대한 연구.

Contouring, Planning을 LMIC 를 위해 진행하고 있는 MDACC의 연구결과의 일부분을 보았는데.

듣는 사람들도 많은 관심을 가져줘서 내가 궁금했던 질문들을 못했던... -_-; 

 

요약하면.

현재 자궁경부암 환자에 대해서는 

종양 CTV, 정상조직에 대한 DL기반 Contouring은 개발되었고, 

현재 MDA에서 검증하고 있으며, 

향후 아프리카 등 LMIC에 활용이 될 것으로 예상된다.

간단한 방사선치료계획도 자동화가 되어서 이미 검증이 완료되었고,

현재 FDA 신청중이며 조만간 시작될 것이다. 

 

물론 개발도상국을 위한 시작이지만, 

많은 부분에서 자동화를 가져올 것이고, 

이에 대해서 대비하는 것들이 필요하지 않나.. - 이건 내 의견 ㅋㅋ 

 

재미난 미래! 

난. 변화하는 미래가 기대된다. 병.. 이려나 

 

 

 

좋은 연구실에서 연구를 하고 있는 것이 참 부럽기도 하고,

저 정도 규모 뿐아니라 오랜 연구를 할 수 있는 연구실을 만들고 싶다는 생각이.. ㅎㅎ 

뭐 지금은 어렵겠지만, 노력하다보면. 언젠가 오지 않겠는가? ㅎㅎ 

 

암튼 MDACC의 Radiation Planning Assistant 프로젝트가 궁금하신 분은.

아래에 가시면 자세한 내용을 알 수 있으실테니 참고하시기 바랍니다!!! 

 

방사선치료. 재미납니다!! 

 

rpa.mdanderson.org

 

Radiation Planning Assistant | MD Anderson Cancer Center

The Radiation Planning Assistant (RPA) is being developed at MD Anderson to offer a suite of fully-automated contouring and radiotherapy treatment planning tools. The RPA is currently in its Research Use Only phase, undergoing testing, and is not yet avail

rpa.mdanderson.org

 

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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2021. 2. 23. 10:42

1. Youtube 
구독자 천명은 돌파..!! 오예!! ㅎㅎ 
- 1차 목표 달성 ㅋㅋ 감사합니다!! 

 
역시 Nanox가 1등 ㅋㅋㅋ
10,000 넘으면 하나 더 만든다고 했는데. 넘기겠네 ㅠ.ㅠ 
궁금해서 찾아보니, 3월 2일 지나서 찍으면 될 듯 ㅋ
한국 사람들이 그렇게 많이 산다던데.. -_-;; 

daily.hankooki.com/lpage/finance/202102/dh20210218134343148350.htm?fbclid=IwAR0aPgLF5dnDrIVhejPZr2__Hh_t3f3nOksFV4XgTo7MrhW7uexDA6FzfQ0

 

나녹스, 국내 개인투자자 해외주식 순매수 1위에 올라

[데일리한국 문병언 기자] SK텔레콤이 2대주주이며 요즈마펀드, 폭스콘 등이 공동 투자한 혁신 의료영상 전문기업 나녹스가 국내 개인투자자의 해외주식 순매수 1위에 올랐다.18일 한국증권예탁

daily.hankooki.com

 

2. 채널이름.
Mr.Medical Physics : 미스터엠피 
라고 했었다가, 바꿀까.. 고민들을 하고 있다 ㅋㅋ 
그냥 더 편하게(?) 하고 싶은 말들이 있으니까..
그래서 어이없게(?).. '공돌이의대교수', '교수오빠' 이런 거 생각해보다가
발견한 채널. '교수언니' ㅎㅎ 

www.youtube.com/watch?fbclid=IwAR0_ubwgZV-jf-jFHPwkDaNY4LfCh3xuRngaZ3R2xYYYa-zuIXxlXyNtsPQ&v=VT4XNPSCvwQ&feature=youtu.be


우울하신 분들. 한번 보시기를!! 추천해봅니다!! 
교수언니! 응원해봅니다~ ㅎㅎ

3. 작은 목표 of 2021
올해 YouTube 1달에 3개. 36개가 목표였는데 
현재 11개 upload. 2개 waiting.. 
일단 기분은 좋다 ㅋㅋㅋ 

4. VC 미팅
1시간 뒤 VC랑 미팅을 하기로 했는데.. 
난 지금 뭐하고 있는 것인가 ㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋㅋ
뭐든 처음.. 하는 건 설렌다 ㅋㅋ
그 분들에게 죄송하지 않아야하는데.. 이제 좀 준비를!!!

 

2021년 2월 23일. 날짜도 좋네 ㅋ

 

5. 의학물리!! 

이것도 한번 보고 가세요!!! 호호호. 

 

youtu.be/qRcwNsytoG4

 

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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2021. 2. 18. 19:17

지진을 겪으면서

제 소개를 다시 한번하고.

이 블로그를 시작했던 이유.

그리고 앞으로 어떻게 살아갈지를 다시 한번. 정리해봤습니다.

 

저를 이해하시는데 도움이 되시리라 봅니다!! 

동영상이 편한 것도 있어요!! :) 

 

 

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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2021. 2. 3. 16:39

나름 내 블로그에서 많이 찾는 글이.. MR 관련된 내용이다. ㅋㅋ

mpjinsung.tistory.com/60

 

MRI Basics - 자기공명영상의 기본원리

내일 강의할 자료 중의 일부를 공개합니다! ㅋㅋ 강의내용은 원래 "방사선종양학과에서의 의료영상!" 내일의 부제는 "MRI Basics" 이다. 좋은 참고문헌은 몇개 구해서 준비하는 것이 굉장히 수월했

mpjinsung.tistory.com

 

그래서

오랜만에 강의영상을 하나 올려봄! 

 

시간도 길고. 재미도 없어서 조회수는 안 오르지만.

나중에 이 내용도 기억을 못할 수 있고. 

지금의 느낌? 도 남겨두면 추억이 될테니까.

일단 기억으로 남겨둠.. 

 

누가 보면. 참 이상한 놈이다.. 라고 생각하겠으나. ㅎㅎ

으라차차차!! ㅋㅋ 

 

 

youtu.be/LtbfjdjwZmo

 

youtu.be/i_O17onL7DQ

 

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Posted by jinsung