MedPhy Jinsung2021. 2. 27. 11:01

인공지능을 활용해서 실제 임상에 적용하기 위한 처음 시작한 것이 2018년으로 기억한다.

2019년부터 본격적으로 이것저것 해보고, 

관련된 제품들도 사용해보면서 방향성을 정해보게 되었다.

 

어떻게 보면 느리다고 할 수 있지만, 

관련된 연구결과들이 이제 나오기 시작한다.

그전에 Atlas기반의 논문도 몇개 있긴 하지만, 그건 그냥 넘어가도록 하고!! 

 

첫번째 세상에 나온 논문은.

연구실에서 개발한 DL과 기존 Atlas 알고리즘의 비교

결론은 장단점이 있으나 DL이 조금 더 Robust하고, Contrast CT, NonConstrast CT 에 대해서도 잘 동작한다. 

오히려 Atlas based segmentation이 단점들이 존재한다는 결론! 

 

www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0167814020308203

 

Clinical evaluation of atlas- and deep learning-based automatic segmentation of multiple organs and clinical target volumes for

Manual segmentation is the gold standard method for radiation therapy planning; however, it is time-consuming and prone to inter- and intra-observer v…

www.sciencedirect.com

 

 

그런 의미에서 현재 일종의 가이드라인처럼 사용되는 문서에서 언급되는.

Atlas based deformable registration은 이제 몇 년뒤면 역사속으로 사라지게 될 것이다. 

 

 

https://www.redjournal.org/article/S0360-3016(20)34409-6/fulltext

 

연장선상?에서 나온 논문

코어라인소프트와 기술이전을 통해서 만든 DL 기반의 Auto-Segmentation을 임상에 사용해보고, 

임상적인 평가를 수행한 결과를 보고 했다. 

유방암 111명의 환자를 기반으로 DL을 만들어서 DSC로 볼 때 90% 넘는 결과를 보였고, 

10개의 기관의 임상 전문가들에게 교차검증을 통해서 acceptable한 결과를 보여서

일반적인 routine에서 활용이 가능하겠다. 는 결론을 내릴 수 있는 논문이라고 할 수 있다.

사실 더 많은 이야기를 할 수 있을텐데,

정상 장기 뿐이나라 종양 CTV, lymph node에 대해서도 그릴 수 있다는 것이 장점이라고 생각한다. 

 

ro-journal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13014-021-01771-z

 

Clinical feasibility of deep learning-based auto-segmentation of target volumes and organs-at-risk in breast cancer patients aft

Background In breast cancer patients receiving radiotherapy (RT), accurate target delineation and reduction of radiation doses to the nearby normal organs is important. However, manual clinical target volume (CTV) and organs-at-risk (OARs) segmentation for

ro-journal.biomedcentral.com

사실 아래의 논문이 가장 공을 많이 들이긴 했는데, 

시간의 압박으로 인해 더 의미있는 저널에 싣지 못해서 아쉽기도 하다.

 

방사선치료의 특징은 중간에 Adaptive RT를 한다는 것이다. 

이럴 경우 또 다른 image set들이 생기게 되는데, DL을 학습시키는 데이터가 중요한 이슈가 된다.

보통 training과 test는 다른 환자의 데이터를 사용하지만,

training을 할 때, 이전 첫번째 찍은 CT, 즉 같은 환자의 데이터 - 그러나 조금 다른 데이터를 사용하게 되면 

어떤 결과가 나오게 될까. - 더 좋을 것이라는 전제로 시작한 연구이긴 하다. ㅋ

 

그래서 이름을 Continual Deep learning이라고 적어서 냈는데, 리뷰어들이 잘 이해를 못한 면이 있다.

암튼 결론만 이야기하면 같은 환자의 data를 사용해서 training한 것이 더 임상적으로 만족한다는 것이다.

DSC는 큰 차이가 없지만, 주관적인 평가에서는 조금 더 사람이 그린 것과 같다는 답을 얻었다. 

이 과정에서 turing test를 했는데, 엄청난 일들을 해준 1저자에게 감사 ㅎㅎ 

 

www.mdpi.com/2072-6694/13/4/702

 

Feasibility of Continual Deep Learning-Based Segmentation for Personalized Adaptive Radiation Therapy in Head and Neck Area

This study investigated the feasibility of deep learning-based segmentation (DLS) and continual training for adaptive radiotherapy (RT) of head and neck (H&N) cancer. One-hundred patients treated with definitive RT were included. Based on 23 organs-at-risk

www.mdpi.com

아래의 그림이 가장 중요하긴 한데.

matched training set으로 학습한 DLSm이 가장 사람처럼 느껴진다는 평가 결과이다.

기존의 방법은 DLSu 이고, 그래서 Continual learning이 필요하다는 결론인데.. 

뭐 앞으로 계속 진행할 연구과 연동이 되니까. 기대해본다. 

암튼 여기에서도 DIR은.. 사요나라.. 

그리고 논문에 최근 몇개의 관련 논문들의 성적을 정리해보았다. 

나중에 이것만.. 보면 그래도... 도움이 되리라 믿어본다.!! 

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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2020. 11. 1. 23:37

연세대 의학물리팀으로 뿌듯했던 순간 중 best 중 하나에 들어가는 사건!

 

NEJM에서 처음 방사선 - 부정맥치료를 하는 것을 본 것이 수년전.

 

5명을 치료해서 NEJM에 나와서.. 깜짝!! ㅎㅎ 

 

암튼 늘 한번쯤 우리도 하면 좋겠다고 생각했고,

WashU에서 꾸준히 하던 것을 보다가,

작년 2019년, 급하게 외국인 11세 환자가 생겼다고 해서.

Wash U와 Video conference도 하면서 처음 시도한 적이 있다.

 

우리과 윤홍인 교수, 심장내과 엄재선 교수님이 고생을 많이 하셨고,

물리팀에서도 홍채선/김지훈 박사가 처음하는 부담이 있었으나.

결과적으로 치료가 잘 끝났던 기억이 난다. 

https://twitter.com/HIY_RadOnc_YCC/status/1192328492660035585?s=20

 

끝나고, 이 분야의 전문가 Wash U의 Clifford Robinson 에게 부탁한 메세지! 

이 친구 참 좋은 사람이다. 앞으로 더 크게 될 친구일 듯!! 

 

 

그 때 서울대병원에서도 거의 동시에 임상시험으로 진행하고 있었는데,

환자가 많이 좋아졌는지, 오늘 뉴스에 나와서 너무 반가웠어요!!

 

중입자로. 조금 더 잘 할 수 있는 부분일수도 있다고.

생각만 하고 있으나. 한번 준비는 해봐야겠습니다!!

 

암튼 방사선치료가. 다양한 치료가 가능하답니다!

기억해주세요!

 

 

Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2020. 7. 1. 22:56

방사선치료를 받으시거나. 

연구를 하다보면, SRS/SBRT/SABR이라는 단어를 듣게 될 겁니다. 

도대체 무슨 약자이고. 무슨 뜻인지!!~!! 

 

기존 치료랑 무슨 차이인지!!!! 

궁금하신 분을 위해. 

간단히 단어뜻. 역사?에 대해서 영상을 만들어봤습니다!!! 

 

 

중간에 썸네일을 몇개 받았는데.. 

너무 마음에 들어서 여기에만 올려봅니다 ㅋㅋㅋ

 

Posted by jinsung
MP OpenSource2016. 7. 1. 11:59




방사선치료에서 Target Volume이라는 것은 중요한 의미를 가진다. 


어디까지 수술을 해야하느냐.. 와 동일한 의미로.

어디까지 방사선을 주어야하느냐.. 를 결정하기 때문이다.


그러한 Target Volume에는 GTV, CTV, ITV, PTV 등이 있고, 

이에 대한 자세한 설명은 ICRU 50, 62, 83 레포트를 보면 확인할 수가 있다. 


그 중에 움직이는 종양에 대한 정의를 하기 위해서 2006년 Wolthaus가 보고한 논문의 그림이 있는데, 

강의자료로 사용하기 위해서 유사하게 그려보았고, 

Powerpoint의 기능을 통해 비디오로 만들어보았다. 


Powerpoint에서 슬라이드쇼.. 를 통해 내가 실제 해본 시간대로 에니메이션이 기록이 되었고, 

이를 동영상으로 변환할 수 있는 기능을 사용해보았는데.

생각보다 편리하고, 쉽게 동영상 변환이 되는 것을 확인!!! 


기록해두려고 남겨본다.

 




아래의 메뉴로 가서. 

"기록된 시간 및 설명 사용" 메뉴에서 슬라이드쇼.. 를 수행한 결과를 선택하면.

에니메이션대로 동영상이 쉽게 만들어짐!! :) 




Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2014. 1. 2. 09:49

아침에 접한 몇가지 뉴스 중 하나를 정리해본다. 


PSI's Gantry 2 begins clinical operation

http://medicalphysicsweb.org/cws/article/research/55728



양성자치료를 하는 사람이다면, 스위스의 PSI라는 기관을 모르는 사람이 없을 것이다. 

PSI라는 곳에서 그동안 오랫동안 준비해온 두번째 Gantry에서 치료를 시작했다는 소식이다. 


간단히 위의 링크의 내용들을 국문으로 정리해보면, 

G1을 운영하면서 획득한 지식을 바탕으로 새로 만든 clinically innovative 치료실이다. G1보다 spot size, penumbra가 굉장히 줄어들었고, beam line이 energy change에 optimize 되어 있어서 100ms 걸린다.(와우!!!)

Gantry가 210도만 회전이 가능하며 나머지는 patient table 회전으로 커버한다. Image guidance를 위해서는 CT-on-rails을 활용할 예정이다. 


공식 홈페이지 
http://p-therapie.web.psi.ch/e/gantry2.html 에 있는 사진인데, 
좀 더 멋진 사진을 다시 찍어주기를 기대해본다! ㅎㅎ 

1st case는 skull base meningioma였고, 3 field, 1.8Gy(RBE) 로 54Gy 치료예정이고, 2013년 11월 25일 치료를 시작했다. Fast spot-scanning 방법으로 치료를 해서 한 field당 20초 이내로 조사를 마쳤으며 전체 치료시간은 30분정도이다. 
첫 환자는 IMPT가 큰 benefit이 없어서 SFUD를 활용해서 치료했다. 그러나 이미 IMPT를 활용할 준비는 모두 되어있다. 

2, 3번째 환자는 1번째 환자가 끝나는 2014년 1월부터 치료를 시작한다. 처음에는 Gantry 1번에서 치료하는 indication과 유사하게 하겠지만, 소아환자들을 곧 치료하기 시작할 것이다. 
Tracking mobile tumors는 좀 더 많은 commissioning work이 필요하겠지만, 우리는 2015년 초에 moving tumor 첫 환자를 치료하기를 희망하고 있다. 

현재 Gantry 3을 건설 중이며 Gantry 2와 비슷하게 사용될 것으로 생각한다.  




2009년에 PSI를 방문해봤는데,
2015년쯤.. 한번 더 방문할 수 있기를 바래본다.



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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2013. 8. 29. 07:08


어제 읽은 재미난 논문 하나! 


Incidence of Second Malignancies Among Patients Treated With Proton Versus Photon Radiation

http://www.redjournal.org/article/s0360-3016(13)00459-8/abstract





간단히 정리해보면 아래와 같다. 


-


일반 방사선치료를 받으면 2차암이 보통 8%정도 발생한다

양성자치료를 받으면 정상조직이 1/2, 1/3로 줄어든다


MGH에서 5400명 치료했는데 (1973-2001)

eye 치료, 외국인(571), meta 등을 제외했더니 1407명 정도였고, 

MGH FU가 없는 383명도 제외 ==> 1034명 : 2007년까지 followup.


1034명을 NCI SEER data (28% US cover)와 match up.

221,000명의 nonmeta x-ray 치료환자 발견, LLUMC 때문에 LA환자는 제외, IRB 통과


1034명중에 1SEER data와 match된 환자는 558명(54%)

33% Prostate, 32% CNS, 8% musculoskelatal, 3% GI, 0.4% Lung, 0.2% Lumphoma, 44 PED

unmatched rare cancer (339 H&N, 291 base of skull, 93 NPX)

모든 환자에 대한 Median FU 6.7 (양성자)  vs 6.0 (X-ray), age 59 yr


-


결과적으로 보니, 2차암의 발생 빈도는 

5.2% (양성자) vs 7.5% (X-ray)였고, unmatched 양성자 환자 중에서는 3.8% 였다. 
이것을 환산하면 6.9 vs 10.3 cancers per 1000 person-year 이다. 

-


여러가지 논문의 제한점이 있지만! (이 제한점은 나중에 다시 정리! ㅋㅋ)

다음과 같이 요약할 수 있다! 이건 그냥 원문 그대로! :)


-


In conclusion, after we adjusted for known prognostic factors, there was a lower incidence of second cancers among cancer patients treated with proton radiation compared with patients treated

with photon radiation. Because second cancers can appear many years after the initial radiation therapy, longer follow-up of these patients is needed. Given the limitations of the study, the reduced

second tumor rate in the proton cohort that we observed should be viewed as hypothesis generating. Nevertheless, these findings are reassuring that the risk of second tumors was at least not increased when using protons compared with photons, but leave open the question as to whether proton radiation therapy decreases rates of second tumors in radiation-treated cohorts


-

좋은 논문이라고 보고.
향후 인용이 많이 되리라 확신한다.

그리고 추측하는 것은.
NEJM, JCO에 제출했을텐데.. 아쉬움이 남기도 한다. ^^.


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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2012. 12. 3. 15:33

지난 주 대한방사선수술물리학회에서 발표했던 자료.

슬라이드로 만들어보았는데 어떤지 모르겠군요.


동영상이 많아서 슬라이드로 만든 것이 조금 아쉽지만.

향후에 기회가 있으면 동영상을 만들어서 올려보도록 하죠.


더 궁금하신 분들은.

연락주세요! :)


그리고 자료를 사용하실때는.

반드시 출처를 밝혀주시면 고맙겠습니다. 



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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2011. 11. 9. 13:21


양성자치료기의 방사선치료계획시스템. RTP를 조만간 결정해야한다. 
가격이 싸지 않기 때문에 막연하게 한번 살펴보고 구매할 수는 없으므로 일단 데모를 받아서 사용해보기로 함.
일단 예전에 사용해본 Eclipse, Pinnacle 보다는 첫인상이 깔끔해보인다.
그리고 소프트웨어 그 자체에 충실하려고 노력한 느낌을 전체적으로 받게 된다. 이쁘고.

우선 IMPT (Intensity Modulated Proton Therapy)가 어떻게 구현이 되는지 체크하기 위해서 돌려본다. Prostate cancer 환자를 가지고 테스트! 양성자의 방향은 기존의 Double scattering 방식에서 가장 많이 사용되는 양 옆에서 주는 방식으로 결정했다. 역시 해보니 선량분포는 그냥 내가 원하는대로 optimization을 해주어서 깔금하게 종양을 커버하는 모습.
중요한 것은 speed인데, 생각보다는 빨랐고, 나중에 정말 저렇게 분포가 되는지 QA를 해봐야하는 일이 남아있지만, 현재까지 RTP 상의 workflow는 만족스러웠고, 속도도 만족. 

아래 prostate의 선량분포.. 나름 이쁘지 않나요? 하하.


다음은 RayStation에서만 볼 수 있는 Deformation! 
Deformation이 잘 표현이 되도록 나타내는 것에는 만족하나. 아직 속도는 만족스럽지 않음. 
더 쓰고 싶은 말이 있지만.. 오늘은 시간이 없어서 사진 첨부에 만족! ㅎㅎ


11월말까지 일단 사용해보기로 했고, 관련해서 논문도 작성할 예정인데.
좀 더 사용해보고 좋은 기능들을 소개해보도록 하죠... 시간이 나야할텐데.. ㅠ.ㅠ





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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2011. 9. 22. 20:16


양성자치료기를 도입을 하면서 여러가지를 배우고 있는 중이다.
2011년 9월. 미국과 대만 출장을 통해 5개의 양성자센터를 다녀왔는데 아마 잊지 못할 기억이 될 것 같으며 짧지만 많은 것을 배운 시간이었다. 물론 일정은 너무도 빡빡했다. ㅠ.ㅠ

암튼 오늘은 방사선치료계획시스템 (Radiation Therapy Planning System) 중의 하나인 RayStation에 대한 미팅을 가진 하루였다. 인상적인 것들이 몇개 있어서 글 하나 남기려고 한다.

RayStation은 홈페이지( http://www.raysearchlabs.com )에 들어가며보면 알겠지만 이미 RaySearch Laboratories라는 유명한 소프트웨어가 새로 시작하는 자신들만의 시스템이다. 기존에 방사선종양학과에서 사용되는 RTP 시스템들은 대부분의 핵심 알고리즘은 이 Raysearch 회사로부터 구입해서 전체 프로그램을 새로 구성해서 판매해왔다. 그러던 와중 이 스웨덴의 회사가 자신의 비지니스를 하겠다고 나선 것이다.

데모를 보면. 일단 느낌이 온다. "아. 깔끔하고, 새롭구나!" :)
그리고 이 제품을 보면서 가장 큰 장점으로 생각되는 것은 이 친구들은 Optimization에 일가견이 있다. 사실 방사선치료의 과정에 있어서 많은 부분이 optimization이 필요하다. 쉽게 이야기하면 Try & error 방법을 사용해서 조금씩 더 좋은 결과를 얻어내는 것이 대부분의 일이다. 물론 어느정도 했을 경우. '이정도면 괜찮다'라고 생각하는 것은 사람이다. :)

그런데 이 친구들은 일단 IMRT optimization 알고리즘이 빠르고 좋다. 그러고 나니 자신들의 이 optimization 방법을 가능한한 다른 분야에 모두 사용하고 있다. 간단하게 글로 설명하긴 어렵지만, 일반 3D CRT 치료계획도 optimization을 한다. 갠트리 각도, couch 각도, collimator 각도 모두 optimization을 해서 자신들만의 최적의 방법을 찾아낸다. 기본적으로 3DCRT와 IMRT의 차이가 크게 없는 것이다. 물론 modulation이 들어가는 IMRT가 더 많은 시간이 필요하지만 말이다.

그리고 더 나아가서는 양성자치료에 이러한 optimization을 이용하는데 range uncertainty, position uncertainty 등에 대해서 효과적인 optimization을 통해 다른 RTP에서 구현하지 못한 Robust planning을 해낸다. 또한 deformable registration에도 유사한 기술이 적용되어 vector를 찾아내어서 이를 이용한다. 

나중에 직접 사용해봐야 할겠지만. 첫인상은 Optimization이 먹여살리는 RTP! 
그리고. 무엇보다도 팬시해보인다!!! :)

Eclipse, Pinnacle. 긴장하셔야할듯.. ㅋㅋ

맘에 드는 몇가지 기능을 나열해보면.

Proton Robust Planning - 엄청 편해짐. ㅋㅋ
Multicriteria Optimization - 이건 정말 봐야할 듯! :) 참고로 현재 MGH와 협력중임 - 
Deformable Registration - 이건 직접 보면.. 반할수도.. ㅋㅋㅋ
3D CRT Optimization 
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Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 7. 7. 13:25

방사선치료기 중에서 x-ray를 이용한 기기를 만드는 회사는 크게 3개의 회사로 볼 수 있다. 
Varian, Elekta, Siemens. (Tomotherapy, Cyberknife 등을 제외한 그냥 일반적인 선형가속기 기반 치료기 회사)

그 중에 하나인 Elekta에서 lung 환자에 대한 새로운 치료방법을 내놓았다. 
몇년전부터 나온 Sonke의 논문을 기반으로 만들어진 것으로 생각이 되는데.
내가 지금 연구하고 있는 4D DTS와 관련이 있는 기술이라 관심있게 보고 있었고, 
얼마전에 관련된 solution이 홈페이지에 나온 것을 확인했다. 

관심이 있으신 분들을 위해! 
일단 동영상! 


한마디로 환자의 움직이는 폐종양을 치료실에서 별다른 마커없이 호흡동조 CBCT를 촬영해서 
환자의 정확한 baseline을 찾아서 방사선치료계획할 때 지정했던 위치로 환자를 옮겨서 정확한 치료가 가능하다는 말씀! 

움직이는 폐의 정확한 위치를 알 수 있다면.
환자의 폐 종양에 방사선을 줄 때 margin을 줄여서 
정상조직에 선량을 적게 주고, 폐종양에만 집중적으로 선량을 전달하시겠다는 의도가 숨어있는 것이죠.

나날이 기술이 발전해 나가고 있군요! ^^.



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