'MATLAB'에 해당되는 글 6건

  1. 2015.08.28 기억..
  2. 2010.03.10 MATLAB R2010a is released.. 2
  3. 2010.01.19 Making Tomotherapy DVH excel file using MATLAB 2
  4. 2010.01.06 RIT to FilmQA 1
  5. 2009.08.31 DVH Analyzer v1.0 6
  6. 2009.07.27 Biologically Effective Dose (BED)
MedPhy Jinsung2015. 8. 28. 07:06

일하다보면, 

예전에 했던 일들에 대한 기억을 되살려야할 때가 있다.


2008년에 만들었던 Matlab에 대한 기억을 되살려야한다.

시간이 여유있게 주어지면 쉬운데.

짬짬히 해야하는 상황이라. 제대로 생각나지 않는다. 


이제부터라도.

제대로 주석을 달아둬야하나... ㅎㅎ


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Posted by jinsung
Interests2010. 3. 10. 10:10

드디어 MacOS X. 64bit 용으로 matlab이 나왔다.

Multicore support and performance enhancements for over 50 functions and expanded support for large images in Image Processing Toolbox

라고 자신있게 써두었는데 어떤 변화가 있을지 궁금하다.
지금은 그렇게 헤비한 작업을 시키는 일이 드물어서 큰 차이는 못 느끼겠지만.
그래도 예전보다는 훨씬 깔끔해지고 빠른 느낌이긴 하다.

돌이켜보면.
내가 Matlab을 처음 접한 것이 2001년이니까. 
거의 10년째가 되어가고 있다.

아무것도 모른채로 맨땅에 헤딩하면서.
help보면서 하나하나 했던.
하루종일 모니터앞에서 프로그래밍하며 밤을 지샜던 기억도..
배경태 선생님과 즐겁게 테니스도 치던 기억들이 이젠 추억으로 남는다.

그러고 보면.
그동안 매트랩도 상당히 많은 발전을 했고.
정말 많이 좋아졌다! ^^.

욕심내서 바라기는..
iPad용 matlab이 나오면 좋겠다는 생각! ㅋㅋㅋㅋㅋ




Posted by jinsung
MP OpenSource2010. 1. 19. 21:07

방사선종양학과에서 일하다보면
가장 많이 접하는 것이 DVH (Dose Volume Histogram)이라는 것인데
모든 방사선치료계획의 판단 기준이 되는 것이다.

그런데 생각보다 이 DVH를 연구에 편리하게 제공하지 않는 치료계획시스템이 있으니
그것이 비싼 치료기 중 하나인 Tomotherapy라는 것이다. 
물론 치료받으시는 환자에게는 아무런 영향이 없지만, 
연구하는 사람에게는 약간의 제약이 될 수 밖에 없다.
오랫동안 제공해오지 않아서 내가 그림을 DVH로 바꾸는 프로그램을 만들어써왔으나.
얼마전 Tomotherapy RTP 버전이 3.1.4 로 바뀌면서 이것이 조금 가능하게 되었으나 
완벽하지는 않아서(이건 아래 그림을 보면 확인할 수 있다)
귀찮지만 반나절 투자해서 매트랩으로 프로그래밍을 해두었다.

일단 Tomo planning을 하면 아래와 같은 DVH를 확인할 수 있다.
이것이 방사선치료에서 가장 중요한 그래프라고 볼 수 있다! 
모든 그림은 클릭하면.. 좀 더 크게 확인할 수 있다!


예전의 버전에서는 안되었지만, 버전 3.1.4부터는.
Fractionation Tap에서 플랜을 모두 완성한 이후에는 아래의 그림처럼.
DVH 위에 마우스를 놓고 오른쪽 클릭을 하면.
"Copy DVH Data to Clipboard"라는 메뉴가 뜬다! (이건 정말 몇년만에 이루어진 일!)



그래서 Copy 를 하고 정말 신나는 마음으로
clipboard에 있는 데이터를 엑셀에 붙여보았을 때!
나타나는 데이터는 아래와 같이 좀 당황스러웠다! ㅡ.ㅡ...



언뜻 보면 감이 오지를 않으실텐데,
결론만 이야기하면 저기 위에 DVH에서 색깔로 표시된 부분만 숫자로 표현이 된 것이다.
한마디로.. 완벽한 DVH 데이터가 아니란 이야기!  - 살짝 열이 오르게 된다.. -_-;;
물론 수정을 하면 만들수 있으나.. 이것이 좀 귀찮은 이야기가 되고.
또 이걸 나중에는 많은 환자에 대해 할 일이 생길 수 있으니.
그냥 프로그램으로 짜두자.. 라는 결론을 내리게 된다! 
그래서.. 위에서 Copy한 Clipboard의 내용을 메모장을 열어서 'Paste'한 뒤에
"DVH.txt" 로 저장을 해보았다. 



위에서 저장한 "DVH.txt"파일을 매트랩이 설치된 컴퓨터로 가져온다.
그리고 오늘 코딩한 "TomoDVH_import.m"파일과 같은 폴더에 둔다. 
(다른 폴더에 둬도 큰 상관은 없지만, 이왕이면.. 헷갈리지 않게 하는 것이 좋으니까..)



그리고는 MATLAB을 실행하고, 
매트랩의 current Directory를 위의 폴더로 변경을 하고.
"TomoDVH_import"를 command window에 입력한다. 
(이 부분은 "TomoDVH_import.m"을 실행시키는 것으로 
 MATLAB을 한번쯤은 실행해봐야 이해할 수 있을 것이다.)



그럼 창이 하나 뜨면서
DVH 파일을 선택하라고 할 것이다. 
이 때 아까 저장해두었던 "DVH.txt" 파일을 클릭하면



"DVH.txt"의 불완전한 데이터를 자동으로 수정해서.
이 데이터를 바탕으로 아래와 같은 DVH 그림을 하나 그리게 된다.

 
그리고 해당하는 DVH 데이터는 좀 더 완벽한 데이터로.
해당하는 현재 디렉토리에 "TomoDVH_import.xls"로 저장이 된다.
여기서 나와 같은 Mac 사용자는 오류가 생기게 되는데, 
이유는 아직 EXCEL에 대한 명령어가 mac에서 full support가 되지 않아서 그렇다.
Window사용자는 아무런 문제없이 엑셀이 생길 것이다.

현재로는 Mac 사용자는 TomoDVH_import_mac.m 을 사용하시면.
프로그램을 실행하게 되면 그림은 그려지고. 파일은 "TomoDVH.txt"로 저장된다.
그리고 txt파일로 저장하기 원한다면 window 유저들도 TomoDVH_import_mac.m 을 
사용해도 아무런 상관이 없다. 



2010년 1월 19일.
그래도 오후에 귀찮은 것을 해결할 수 있는 프로그램을 하나 만들어서 
약간은 뿌듯한 마음이다. 

1시간 정도 걸려서 짜서.. 허접하기는 하지만
다른 프로그램을 짜는데도 도움이 될 수 있으니.
필요한 사람은 한번 받아서 해보시는 것도 좋을 듯.


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Posted by jinsung
MP OpenSource2010. 1. 6. 10:23
병원의 의학물리학자라면.
Film을 분석하는 경우가 허다한데, 주로 소프트웨어를 사서 사용한다. 
지금까지 사용해본 소프트웨어는 크게 2개인데.

두개 모두 장점과 단점이 존재하는데.
일반적인 machineQA에 있어서는 RIT가 정말 편하고 깔끔하고 잘 되어있다.
하지만. IMRT는 FilmQA가 조금 더 편해보인다.
RIT는 다른 것은 다 좋은데.. Reference RTP와 Film을 registration하는 과정이.
정말.. 인내심을 요구한다. 이부분은 좀 보완이 필요하다고 생각한다. 
RIT 개발자가.. 이 글을 볼 일은 없을 것 같지만.

암튼. 논문을 하나 적을 일이 있어서.
RIT에서 스캔한 Film을 FilmQA로 분석하려고 했더니! 
이런!
서로 호환이 되지 않는 것이다.. 
언제쯤 세상은 오픈된 마인드의 제품들이 고평가를 받게 될 것인가!! 

그렇다고. 포기할 수 없어서.
조금 귀찮은 과정이지만. 
RIT에서 export를 matlab format으로 하고.
matlab에서 DICOM으로 변환한 후에.
FilmQA에서 읽는 아주 원시적인 프로세스를 만들었다.

matlab에서 RIT파일을 읽는 것은 쉬우며.
DICOM으로 변환하는 과정만 좀 신경쓰면 된다.

m파일로 올리기도 좀 뻘쭘하긴 한데, 
언젠가 누군가는 필요할 수도 있기에.. 한번 올려본다. ㅎㅎ

두개 모두 다운 받은후에.
RIT에서 export한 'mat'파일을 아무 디렉토리에 옮겨두고.
m파일만 실행하면.. 
위의 그 '아무 디렉토리'를 지정하면.
'아무 디렉토리' 밑에 DCM 폴더가 생기고.. 
거기에 저장된다. 

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Posted by jinsung
MP OpenSource2009. 8. 31. 11:26
DVH 분석 프로그램.

연구를 하면서.
종종 느꼈던 문제는 DVH를 제대로 분석하는 툴이 없다는 것이었다.
작년 윤박사님과 연구를 진행하면서 MATLAB으로 만들어봤던 프로그램을 그냥 두긴 아까워서.
Technical Report로 제출해볼까 해서 적어본 논문과 프로그램이다. 


Accept되면 좀 더 보완해서 올릴까 했는데.
Reviewer의 요청으로 아직 부족한 상태로 올려본다. 

-

조금이나마 도움이 되는 프로그램이 되길.

-

허걱! 
송주영 박사님의 도움으로 알게 된 것인데.
DVH_Analyzer에 사용된 요소 중에서.. table이 존재하는데.
이것은 matlab version 7.6 (2008a) 이상에서만 작동하는 것이다. 
일단 높은 버전의 matlab을 사용해주시길 부탁드립니다.
낮은 버전으로 새로 하는 것은 좀 어려울 듯 합니다. ㅠ.ㅠ 


-

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Posted by jinsung
MP OpenSource2009. 7. 27. 18:32


-

Eric J. Hall의 'Radiobiology for the Radiologist' 6th edition 의 Chap 22 에 나오는 수식.
아마 방사선종양학과 의사들이라면 계산기, 혹은 excel로 만들어서 계산할 것이다. 
흔히.. BED (삐이디) 라는 것이지.

정말 간단한 프로그램.
자바로 만들고 싶은데. 자바를 모른다.. -_-;;;
웹에서 돌아가면 좋을텐데. 


BED를 우선 구하고.
원하는 Fraction size, N of fraction을 결정하면.
나머지 하나가 결정되는 프로그램. 심플 그자체!

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일단 Matlab으로 완성.
컴파일도 하긴 했는데. 
우리과 사람들에게 배포할 것 생각하니 조금 답답하다. ㅎㅎ 
MCR installer를 깔아야하는데.
이게 사실 좀 Heavy한 프로그램이라.. ㅋㅋ

이럴 땐 C 나 Java를 잘 배워둘 걸 그랬나.. 라는 생각이 든다. :)

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Posted by jinsung