MP OpenSource2010. 9. 29. 15:56

Tomotherapy (토모치료기) 는 방사선치료기 중에 고가의 기계에 속한다. 
CT 처럼 생긴 기계에 환자가 들어가있으면, 
MVCT 를 촬영해서 치료시의 정확한 위치를 파악 및 교정이 가능하고
Helical IMRT가 가능해서 우리가 주고자 방사선 분포를 아주 아름답게 만들 수가 있다. 

한 환자에 대해 치료계획을 세우게 되면.
치료계획이 제대로 되었는지 검증하는 과정(정도관리 - QA:Quality Assurance)이 반드시 필요한데, 
이 과정에서 ion chamber로 절대선량을 확인하고. 
Film을 사용해서 2차원적인 분포가 제대로 되었는지를 확인한다. 

보통 TomoTherapy는 구매할 때 들어오는 기계로 모든 작업을 다 할 수 있다. 
All-in-One 개념인데. 편하기도 하지만 불편할 경우가 있다. 
그리고 TomoTherapy는 그 불편한 경우에 대해서 친절하지가 않다. 

예전에 TomoTherapy의 DVH를 변환하는 프로그램을 올린 적이 있는데 좋은 예다. 
오늘은 TomoTherapy에서 환자 QA를 하거나 필름을 현상한 뒤에.
TomoTherapy에서 제공하는 Vidar Scanner로 스캔한 파일에 관한 프로그램이다. 

앞서 이야기했지만, All-in-One 시스템이기 때문에
스캔한 필름을 프로그램에서 저장을 할 때 국제표준규격인 DICOM 형식 ('*.dcm')으로 저장을 하고.
토모 치료계획 시스템에서 불러들이면 읽히지만, 
RIT, MATLAB 등의 소프트웨어에서 해당하는 파일을 읽지 못한다. 
이 문제를 해결하기 위해 시간을 투자하여 MATLAB에서 읽을 수 있도록 만들었다. 

*주: 아래의 내용은 최소한 Matlab을 한번 이상 해보신 분들이라고 가정하고 설명한 겁니다. :)


첨부한 문서를 다운로드 받고. 
현재의 작업 디렉토리로 복사를 한 뒤에 열어보면 아래와 같은 m file이 보일 것이다. 
Dicom을 처음 열어본 사람에게는 너무 많은 설명이 필요하다. ㅡ.ㅡ
그냥 필요에 따라 이용하시면 될 듯 하니. 궁금하시면 트위터 @jinsungk 로 질문하시기를..



암튼 작동하기 위해서는 
Matlab의 Command Line 에서 아래와 같이 적고 엔터를 치면! 




파일을 찾는 UI가 뜨는데
토모에서 스캔한 파일을 찾아서 선택하면 된다. 



선택하면 아래와 같은 영상이 하나 뚱... 나오게 된다. 
Matlab에서 이 파일을 열게 된 것이다. 



그리고나면 
아까 위 Command Line 에서

DCM_Image = TomoDCMReader_JS; 

라고 했기 때문에 위에서 선택한 파일이.
Workspace에서 DCM_Image로 저장이 된 것을 확인할 수 있다. 
더 작업을 하실 분들은 이 파일을 이용하시면 될 듯! :)




업그레이드 할 것이 있으면.
댓글 달고 하도록 하겠습니다. :)

Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 9. 20. 10:36

한국의학물리학회가 창립 20주년이 되어서.
2010년 9월 15~17일. 기념 심포지엄과 학회를 같이 개최하였다. 
시간이 가기 전에 가졌던 생각들을 정리해본다. 

# Motivation

1. 유명한 David Jaffray 를 만났다. 
올해 45살 정도되는 그는 이미 이 쪽 필드에서는 정말 빅가이 중에 하나다.
행사 주관하는 사람으로 CV를 준비했었는데, 현재 참여하고 있는 Project들이 장난이 아니다.
2번의 발표를 들었는데 그가 이야기해준 insight에 감사하고 있다. 

2. UCSD의 Steve Jiang.
William Song의 보스로 몇번 천주에게 이야기 들은 사람.
아마 Jaffray와 나이가 비슷할텐데, 풍기는 인상이 남달랐다. 
무엇보다도 william song이 해준 이야기들이 마음에 남는다. 
저런 보스와 함께 일하면 정말 복받은 것이다.. :)
  
지금은 내가 쥬니어로 만났지만, 
5년 10년정도 지난 뒤에는 협력해서 당당하게 일할 수 있는 사람이 되어야겠다.
그런 강한 Motivation을 남겨준 그들에게 감사! :)

-

# KSMP

1. 재정비
부총무로 일하고 있는데, 일단 급한 건 회원명부 작성 + 홈페이지 관리 
이제 임기가 1년이 더 남았다고 볼 수 있는데, 이 두 가지만 제대로 완성해 놓으면.
정말 뿌듯한 기간이 되지 않을까 싶다. 9월.10월 구체적인 방안을 생각해본 뒤. 시작해야지.  

-

# KAIST

늘 이 분야에 있으면서 KAIST의 후배들이 좀 들어오면 좋겠다는 생각을 했다.
접수에 있으면서 몇 사람들이 KAIST에서 온 것을 확인해볼 수 있었는데. 속으로 즐거워했다. 
학연, 지연을 만든다는 것이 아니라, 뭐랄까 KAIST 모교의 연구분야의 확장. 그런 걸 기대하게 된다. :)
슈퍼스타K 2에서 김소정씨가 탈락한 것도 살짝 아쉬움! ㅎㅎ

-

# 관심 분야

이번 학회를 하면서 연구 관심분야를 나름 심사숙고하여 정했다. 
이미 하고 있는 것과 연결시켜서 앞으로 5년간 열심히 해볼 생각이다. 

1. Medical Imaging (Iterative reconstruction and Image Processing)
2. Magnetic Resonance Imaging in Radiation Therapy
3. Genetic Radiation Therapy

-

Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 9. 10. 16:39

아침 NPC 시간에 WBRT를 하는데, 
보통 6MV로 하는데, 10MV로 하면 어떨까 하는 이야기를 나누면서.
penumbra에 대한 이야기가 나왔다. 

우리 병원에는 photon energy가 4개 존재한다. 
4, 6, 10, 15 MV.

Beam data를 뒤져서 해당되는 에너지의 10x10 조건에서 물에 대한 lateral penumbra를 그려보았다. 
(Dmax의 포인트를 선으로 연결하는 것을 잘 모르겠다. 결국 해결하지 못함.. ㅠ.ㅠ )

자.. 잊어버리지 말아야지. ㅎㅎ



Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 9. 7. 13:25

오늘 우연히 만난 분과 이야기하면서, 
지난 7월에 조선일보에 난 기사에 관한 이야기를 듣게 되었다.

전재희 보건복지부 장관의 부군에 관한 이야기인데 요약하자면.
항암치료등을 했지만, 생존기간이 3개월 남았다는 선고를 받았었는데.
양성자치료를 받아서 간암이 극적으로 줄어들어서 호전되고 있다는 보도.

건강보험에 관련된 뉴스이지만, 
한번 읽어보시면 좋을 듯 하여.
링크합니다. 



'MedPhy Jinsung' 카테고리의 다른 글

2010 KSMP 20주년 행사.  (1) 2010.09.20
X-ray의 Lateral Penumbra Graph.  (2) 2010.09.10
2010 AAPM in Philadelphia  (0) 2010.07.27
3N Project.  (0) 2010.07.27
성공?? - Silicon valley, James Cameron  (3) 2010.07.12
Posted by jinsung
Interests2010. 7. 30. 11:24

스티브잡스의 졸업축사는 유명하다.
몇일전 아마존의 CEO인 Jeff Bezos가 프린스턴 대학교 졸업식에서 한 축사가 트위터에 올라왔다.

IT 업계의 대부인 그들의 스피치에는.
이제 사회를 향해 나아가는 졸업생들을 향한 진심어린 메세지들이 담겨있다. 
그 메세지들은 이미 사회생활을 하고 있는 나. 우리에게도 어떤 insight를 준다고 생각한다. 
이미 보신 분들도 계시겠지만, 못 보신 분들은 한번 보시길. :)

아래의 동영상은 앞에 부분은 간단한 소개를 하는데, 축사는 6분 정도부터 시작된다. 
관련 한국 번역은. http://dotty.org/2699061 에 가시면 볼 수 있습니다. 

Amazon founder and CEO Jeff Bezos delivers graduation speech at Princeton University


그리고 이건 2005년에 스탠포드의 졸업식에서의 스티브 잡스. 위의 것보다 조금 더 길다.. :)
원문은 http://news.stanford.edu/news/2005/june15/jobs-061505.html


Steve Jobs Stanford Commencement Speech 2005




보시면, 각자의 마음에 남는 것들은 조금씩 다를테지만, 
제 마음에 남는 문구들을 적어보면.. 아래와 같답니다. :)

It's harder to be kind than clever.
In the end, we are our choices. Build yourself a great story!
Connecting the Dots
You've got to find what you love
Stay Hungry. Stay Foolish.

나도 언젠가. 저런 speech를 누군가에게 해줄 수 있으면 좋겠습니다.
대상이 나의 귀여운 손주와 자식들만이라도 말입니다. :)



'Interests' 카테고리의 다른 글

[시 한편] 열등감  (2) 2013.04.29
Good Bye. Steve..  (0) 2011.10.06
iOS4 + iBooks = 정말 멋지다!  (5) 2010.06.22
iPad와 일주일 (스크롤 압박!)  (2) 2010.04.14
MacbookAir 2.13GHz, 2G, SSD 128GB 팝니다.  (2) 2010.03.30
Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 7. 27. 15:51

처음으로 간 AAPM 학회.
보는 사람에 따라 관점이 다르겠지만, 
내가 본 이번 AAPM 학회의 큰 흐름은 Low dose, Safety, SBRT, Imaging, MC 이다.

SBRT는 교육세션이 거의 매일 준비되어 사람들이 가득 찼었고.
어떤 세션은 사람이 너무 많아서 자리도 없었고, 한번 나가면 들어가지 못하게 했다. ㅡ.ㅡ 당했었다.. ㅋㅋ

IGRT는 점점 더 대세가 되어가는 느낌이다.
GPU, Compressed Sensing, Iterative Method, Deformation, 
Tracking, MR, PET, US, Multimodality, Tomosynthesis, CBCT 등.
앞으로 더 하면 더했지 지금의 이 흐름을 바꾸는 건 어려워보인다.
그 가운데서 살아남으려면 쉽지 않을 것 같다는 생각도.. ㅋㅋ

Varian user meeting때 본 TrueBeam의 developer mode는 굉장히 매력적이었다.
뭐랄까 연구전용으로 하나 사면 좋겠다고 할 만큼. ㅋㅋ

전시관에서 본 MIMvista의 프로그램은 매력적이었고, PET/CT + CT deformable fusion은 기가 막혔고.
지금 다운 받아서 사용해보고 있는데, 아직은 잘 모르지만, 좋은 프로그램으로 자리 잡을 것으로 예상한다. ㅋ
아직 한국에서의 파트너가 없다고 하던데. 내가 해볼까나? ㅋㅋ



전시관에서 우연히 삼성 아메리카의 사람들과 만나서 나눈 이야기는 흥미로웠고.
앞으로 어떻게 될지 기대가 되는 부분들이 있다. 

전시관에는 없었지만, BrainLab과 MITSUBISHI가 합작해서 만든 VERO system은 
아직 자료도 많이 구할 수 없는데, 상당히 재미난 photon 치료기라고 생각이 된다. 
Tomotherapy와 유사하지만, non-coplanar 빔을 사용가능하며 X-ray source도 위 아래로 움직인다. 일본스럽다! :)




대부분의 Medical Physicist들이 Proton과 관계되어있는 것은 아니라서, Proton에 대한 세션이 많지는 않았다. 

그 밖에 내가 참가한 세션들은 Bobotic Brachytherapy , Proton, GPU 세션들이었으며.
나름대로 재미나고 처음보는 이야기들이 많았다. 

이렇게 배워가는 것 같다. 
내년. 혹은 내 후년에 가면 더 많고 즐거운 일들이 있을 것이라 생각한다. ^^.

ps. 아직 잠이 온다.
      블로깅을 해도 잠이 깨지를 않네그려.. ㅠ.ㅠ 


Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 7. 27. 14:28

2009년. 삼성으로 옮기면서 신청한 과제.
국립암센터에서 박성용 선생님, 조민국과 함께 했던 양성자에 관한 연구를 이어서.
선형가속기에 적용해서 환자의 정확한 위치를 파악하겠다고 한 과제.
물론 외국에서는 2006년에 관련 논문이 나와서 약간 진행이 되었지만, 
4D Gating 영상 등에서 Tomosynthesis가 가지는 장점이 있으므로 나름 괜찮은 아이디어라고 생각! :)

원자력재단에서 하는 과제 중에서.
나이가 많지 않은 신진 연구자들을 키우기 위한 좋은 의미의 과제이다.
과제예산도 넉넉하게 책정할 수 있어서 시작하는 연구자에게는 큰 힘이 되는 프로젝트다.
어떤 분의 아이디어인지 몰라도.. 감사드리고 싶음! :)

문제는 이제 9개월  남았다는 것! ㅎㅎ

과제를 위해 수고하는 천주. 그리고 송박사님.
고맙고 감사하는 마음 가지고 있는 것 알아주시기 바라며.. ㅎㅎ
남은 기간.. 지금까지처럼 열혈연구! ㅎㅎ




Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 7. 12. 09:47

지난 주 주말.
트위터에서 우연히 Retweet된 메세지. 마음에 남는 말이다. 

Sungmoon Cho (@sungmoon)
사람들로부터 무엇이 똑똑한 엔지니어들을 실리콘밸리로 불러들이는 힘이냐는 질문을 많이 받았다. 1) 높은 연봉 2) 엔지니어를 우대하는 문화 3) 좋은 기후 4) 창업하고 투자받을 수 있는 환경, 그리고 무엇보다 5) 수많은 엔지니어들의 성공 스토리

내가 실리콘밸리에 일해본 적이 없지만, 위의 5가지를 보여줄 수 있는 직장이라면.
나라도 당장 가고 싶은 마음이 든다! 

내가 생각하는 사람들을 어떤 한 직업으로 끌어당기는 매력은 2, 3, 5라고 생각한다.
존중해주는 문화. 일하기 즐거운 환경. 앞으로의 비전!

직접적으로 관련은 없지만, 
예전에 TED에서 본 동영상을 하나 링크해본다. 

아바타, 타이타닉, 터미네이터를 제작한 제임스 카메룬 감독의 이야기이다.
그의 삶과 생각의 짧은 면만 볼 수 있지만, 
삶의 지혜를 배울 수 있었던 강연이었다. 

자막이 필요하신 분은 동영상 밑에 
View subtitle  메뉴 사용하시길! :)





자. 즐거운 한주를 시작해볼까.
아.. 이번주는 오랜만의 미국 출장이 잡혀있군! :)
자.. 아이패드에 많이 넣어 가야겠다.. ㅋㅋ


'MedPhy Jinsung' 카테고리의 다른 글

2010 AAPM in Philadelphia  (0) 2010.07.27
3N Project.  (0) 2010.07.27
Elekta의 4D CBCT 기술  (0) 2010.07.07
Tomosynthesis, CT  (7) 2010.06.30
Lung SBRT report by ASTRO & RTOG  (4) 2010.06.28
Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 7. 7. 13:25

방사선치료기 중에서 x-ray를 이용한 기기를 만드는 회사는 크게 3개의 회사로 볼 수 있다. 
Varian, Elekta, Siemens. (Tomotherapy, Cyberknife 등을 제외한 그냥 일반적인 선형가속기 기반 치료기 회사)

그 중에 하나인 Elekta에서 lung 환자에 대한 새로운 치료방법을 내놓았다. 
몇년전부터 나온 Sonke의 논문을 기반으로 만들어진 것으로 생각이 되는데.
내가 지금 연구하고 있는 4D DTS와 관련이 있는 기술이라 관심있게 보고 있었고, 
얼마전에 관련된 solution이 홈페이지에 나온 것을 확인했다. 

관심이 있으신 분들을 위해! 
일단 동영상! 


한마디로 환자의 움직이는 폐종양을 치료실에서 별다른 마커없이 호흡동조 CBCT를 촬영해서 
환자의 정확한 baseline을 찾아서 방사선치료계획할 때 지정했던 위치로 환자를 옮겨서 정확한 치료가 가능하다는 말씀! 

움직이는 폐의 정확한 위치를 알 수 있다면.
환자의 폐 종양에 방사선을 줄 때 margin을 줄여서 
정상조직에 선량을 적게 주고, 폐종양에만 집중적으로 선량을 전달하시겠다는 의도가 숨어있는 것이죠.

나날이 기술이 발전해 나가고 있군요! ^^.



'MedPhy Jinsung' 카테고리의 다른 글

3N Project.  (0) 2010.07.27
성공?? - Silicon valley, James Cameron  (3) 2010.07.12
Tomosynthesis, CT  (7) 2010.06.30
Lung SBRT report by ASTRO & RTOG  (4) 2010.06.28
MRI Basics - 자기공명영상의 기본원리  (9) 2010.06.22
Posted by jinsung
MedPhy Jinsung2010. 6. 30. 10:14

지난 주부터 어제까지 원래 세미나 발표가 3개가 잡혀있었다. 
각각 전부다 다른 주제라서 준비하는 것이 쉽지 않았지만. 
스트레스 받으면서 나름 재미있게 준비를 했다. 

어제는 원래 다른 병원과 같이 세미나를 하려고 하였으나. 
다른 병원의 사정이 여의치 않아서 갑작스럽게 취소 결정! ㅎㅎ
덕분에 세미나 시간의 갑작스런 공백으로 좀 놀게 되었다. ^^. 

어제 발표하려고 했던 주제는.
Medical Physics 논문 중에 Vision 20/20이라는 타이틀로 나온 25개 정도의 논문이 있는데, 
그 중 하나 논문을 리뷰하면서 관련된 분야를 정리하는 형식으로 준비를 했었다. 

James T. Dobbins, (2009). “Tomosynthesis imaging: At a translational crossroads”, Med. Phys. 36 (6), 1956-1967


라는 논문을 메인으로 하면서 관련된 논문을 간단히 review하고, 

CT에 관한 알고리즘을 직접 보여주고, 이해를 모도하려고 했는데, 

다음으로 연기되었다.. ㅋ.ㅋ 


내용은 다음과 같다. 



ps. keynote를 PDF 로 바꿀 때, 내가 원하는 용량으로 저장해주는 옵션은 없을까? 
tistory는 파일첨부 용량이 10메가라서 아쉽다. ^^. 










'MedPhy Jinsung' 카테고리의 다른 글

성공?? - Silicon valley, James Cameron  (3) 2010.07.12
Elekta의 4D CBCT 기술  (0) 2010.07.07
Lung SBRT report by ASTRO & RTOG  (4) 2010.06.28
MRI Basics - 자기공명영상의 기본원리  (9) 2010.06.22
2010 PTCOG49  (0) 2010.06.14
Posted by jinsung